中国-世卫组织新冠病毒溯源报告终于发布!
2021-04-01 11:10:37   来源:   作者:  评论:0 点击:

关键字: 新冠肺炎 | 溯源报告
3月30日22时(日内瓦当地时间16时),世界卫生组织发布了世界卫生组织全球新冠病毒溯源调查的中国部分,即今年1月14日至2月10日中国—世界卫生组织新型冠状病毒溯源研究联合专家组在武汉进行的溯源调查报告。报告共120页,包括溯源调查基本结论,在流行病学、分子流行病学、动物与环境研究等方面的研究方法和结论,以及新冠病毒四种传播路径的假设分析。

世界卫生组织新型冠状病毒溯源研究报告——中国部分
流行病学工作组通过对2019年末武汉及周边地区呼吸道疾病发病率监测的研究,仔细研究了发现COVID-19早期病例的可能性。它还利用了国家哨点监测数据;疾病的实验室确认;退烧药、感冒药和止咳药零售药店采购情况报告;2019年下半年在武汉市、湖北省其他地区和其他省份各医院存储的4500多份研究项目样本的方便子集。在所有这些研究中,都没有证据表明COVID-19的病原体对COVID-19爆发前几个月的发病率有影响。

调查小组访问武汉站点
此外,他们还对武汉市和湖北省其他地区全因死亡率和肺炎特异性死亡率的监测数据进行了综述。2020年第三周,有记录的全因死亡率和肺炎特异性死亡人数的快速增长表明,到2020年第一周,病毒在武汉人口中广泛传播。一到两周后,武汉以外的湖北省人口死亡率急剧上升,这表明武汉的疫情先于湖北其他地区的传播。报告给中国国家法定疾病报告系统(NNDRS)的监测数据和病例均需进行临床审查。NNDRS报告了174例2019年12月出现症状的COVID-19病例。在武汉233家卫生机构开展的广泛工作中,对2019年底疫情爆发前10月和11月两个月的约76253例呼吸系统疾病记录进行了临床审查。尽管在审查后,92例病例被认为与SARS-CoV-2感染兼容,但随后的检测和进一步的外部多学科临床审查确定,实际上没有一例是由SARS-CoV-2感染引起的。基于上述数据和其他监测数据的分析,认为这两个月期间武汉不太可能发生SARS-CoV-2感染的实质性传播。许多早期的案例与华南市场有关,但类似数量的案例与其他市场有关,有些与任何市场都没有关联。12月在更广泛社区内的传播可能是与华南市场无关的病例的原因,再加上与华南市场无关的早期病例的存在,可能表明华南市场不是疫情的最初源头。

2019年武汉市哨点监测每周流感样病例数与前三年平均每周病例数比较

武汉市药房2016-2019年9-12月感冒药、止咳药、退烧药采购情况

根据与任何市场的关联,2019年12月武汉174例病例中168例的暴露史
因此,关于华南市场在疫情源头中扮演的角色,以及疫情是如何传入市场的,目前还没有定论。
分子流行病学和生物信息学工作组审查了从动物身上收集的病毒基因组数据。迄今为止,调查和针对性研究的证据表明,与SARS-CoV-2最密切相关的冠状病毒存在于蝙蝠和穿山甲中,这表明这些哺乳动物可能是导致COVID-19的病毒的宿主。但迄今为止,上述哺乳动物物种中鉴定出的病毒都与SARS-CoV-2没有足够的相似性,不能作为其直接的祖先。除此之外,貂和猫对SARS-CoV2的高易感性表明,这些动物也可能是潜在宿主。

SARS-CoV-2和其他冠状病毒在蝙蝠和穿山甲体内的系统进化树(基于所有基因的连接蛋白序列)
为了分析疫情早期的病毒基因组和流行病学数据,该小组审查了通过中国国家生物信息中心综合数据库收集的关于所有可用冠状病毒序列及其元数据的数据。对2019年12月和2020年1月收集的样本的所有序列数据进行了深入分析,以了解疫情第一阶段病毒的多样性。对于在武汉发现的病例,2019年12月31日之前发病病例的样本数据与流行病学背景数据相关联。几个有华南市场接触史的患者具有相同的病毒基因组,这表明他们可能是一个集群的一部分。然而,序列数据也显示,在武汉暴发的早期阶段已经存在一些病毒多样性,这表明在华南市场集群之外存在未采样的传播链。生肉和毛皮动物暴露的流行病学参数无明显聚类。此外,研究人员估计了最终数据集中SARS-CoV-2序列的最近共同祖先的时间,并与以往研究的结果进行了比较。需要指出的是,这样的分析可以被认为是估计性的,但不能提供起源时间的决定性证据。

通过Nextstrain可视化分析提交给GISAID的数据显示SARS-CoV-2谱系的径向系统发育树。左下象限用蓝色表示早期大流行的原始病毒(19A和B支系)

截至2021年2月3日,中国基因组序列分析(宿主为人类)



2019年底至2020年初全球早期病例和环境样本SARS-CoV-2基因组每周总结
基于分子序列数据,结果表明,疫情可能在2019年12月中旬之前的几个月开始爆发。最早的时间点估计范围为9月下旬到12月初,但大多数估计是在11月中旬到12月初之间。最后,该团队回顾了来自不同国家发表的研究数据,这些研究表明SARS-CoV-2曾早期传播。研究结果表明,SARS-CoV-2的传播先于最初发现病例数周。一些疑似阳性样本的发现时间甚至比武汉首例病例还早,这表明在其他国家可能会出现漏检。然而,到目前为止,研究的质量是有限的。尽管如此,调查这些潜在的早期事件还是很重要的。
动物与环境工作组回顾了在不同动物中发现的与SARS-CoV-2系统进化相关的冠状病毒的现有知识,这些动物包括马蹄蝙蝠和穿山甲。然而,在全国范围内,通过对蝙蝠或野生动物的采样和检测,尚未发现SARS-CoV-2的存在。在中国31个省份采集了8万多份野生动物、家畜和家禽样本,未发现SARS-CoV-2抗体或核酸阳性。通过对华南市场动物产品的广泛检测,未发现动物感染的证据。
华南市场截止收货时的环境采样显示,在华南市场的923份环境样品中,有73份呈阳性。这表明SARS-CoV-2对表面的广泛污染与通过受感染者、受感染动物或受污染产品引入病毒相一致。进入华南市场的供应链包括来自20个国家的冷链产品和动物产品,包括2019年底前报告SARS-CoV-2阳性的样品,以及有SARS-CoV-2近亲属的样品。有证据表明,一些在市场上出售的驯养野生动物对SARS-CoV易感,但在本次研究中,市场采样的动物产品均未检测出阳性。在大流行的早期阶段,由于缺乏对冷链在病毒引入和传播中的潜在作用的认识,没有对冷链产品进行检测。然而,这些发现确实提高了引入不同潜在途径的可能性。2020年武汉其他市场和华南市场上游供应商的初步抽样检测未发现动物中存在SARS-CoV-2传播的证据。

华南市场环境样品采样检测概况RT-PCR阳性样品数量
SARS-CoV-2已被发现在冷冻食品、包装和冷链产品中存在。中国最近暴发的疫情指示病例与冷链传播有关;在其他向中国供应冷链产品的国家的包装和产品上发现了病毒,这表明它可以通过冷链产品远距离携带。

华南地区21家NAT供应商检测呈阳性
进一步的分析将检查空间和时间的相关性,纠正抽样中的潜在偏差,并追溯华南市场冷冻产品供应商。
下一阶段的研究包括对野生动物样本进行SARS-CoV-2相关病毒序列和抗体检测;继续在中国南部省份和东亚、东南亚及其他有马蹄蝙蝠分布的地区调查;追踪在2019年底前初步报告SARS-CoV-2阳性检测的冷链产品供应国,以及在亚洲以外的蝙蝠中报告有较远缘SARS-CoV证据的冷链产品供应国(如果存在可信的联系)。在2019年底前,在污水、血清、人或动物组织/拭子等首次报告SARS-CoV-2检测阳性的国家和地区开展相关追溯研究。召集一个全球专家组,支持未来对流行病起源的联合追溯研究。
联合国际小组就每个领域提出了一系列建议(见报告中的详细内容),并在此过程中评估了病毒传入的不同可能途径的可能性。联合国际小组对四种情况进行了研究:
病毒由人畜共患动物直接向人类传播(溢出);
通过一个中间宿主溢出;
通过(冷)食物链引入;
通过实验室意外泄露。
联合小组考虑到现有的科学证据和发现,对新冠病毒引入人类4种传播途径的可能性进行了定性风险评估,并用“极不可能”“不可能”“可能”“比较可能”“非常可能”5个层级评价。
联合小组对每种可能途径的可能性评估如下。
人畜共患的直接蔓延被认为是一种从可能到比较可能的途径。
通过中间宿主引入被认为是一种从比较可能到非常可能的途径;
通过冷藏/食物链产品传入被认为是一个可能的途径。
通过实验室事件引入被认为是一种极不可能的途径。
从大流行开始,世卫组织就强调必须了解病毒的起源,以便进一步降低人畜共患病的出现和传播风险。参与本次溯源的科学家团队来自世界各地:澳大利亚,中国,丹麦,德国,日本,肯尼亚,荷兰,卡塔尔,俄罗斯联邦,英国,美国和越南。世卫组织总干事特德罗斯.阿德诺姆.格布瑞索斯(Tedros Adhanom Ghebreyesus)指出:“就世界卫生组织而言,所有假设都摆在桌面上。该报告是一个非常重要的开始,但不是结束。我们还没有发现病毒的来源,我们必须继续遵循科学,并且不遗余力。发现病毒的来源需要时间,我们应在全世界寻找病毒的来源,共同采取步骤,以减少再次发生这种病毒的风险。没有任何一次研究之旅可以提供所有答案。”

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